Route 53 作为核心的 DNS 服务，不仅提供公共域名解析，还支持创建私有托管区域。私有托管区域允许您在一个或多个 VPC 内部定义自定义域名系统，而无需将这些记录暴露在公共互联网上。它常用于内部应用程序、数据库或服务的友好名称解析。与公共托管区域不同，私有托管区域的主要计费点在于其与 VPC 的关联方式及解析查询量，而非域名的注册费用。
采用按使用量付费的模式，没有最低费用或也不需要承诺或者预付费。
私有托管区域的定价采用简单的按月订阅和按量计费结合的模式。主要费用包括两个部分：首先是托管区域费，即创建的每个私有托管区域本身每月会收取固定费用。其次是查询费，即该私有托管区域响应来自关联 VPC 的 DNS 查询请求所产生的费用。定价因 AWS 区域而异，但模式全球统一。所有费用都基于的实际使用情况，没有长期合约或预付费要求。
固定费用：固定费用是区域月费。每月每激活一个私有托管区域，就会产生一笔固定的区域月费。无论该区域内有多少条 DNS 记录，此费用不变。
可变费用：超量记录费用。对于每个托管区超过 1 万条的记录，按月收取费用。对于来自关联 VPC 的 DNS 查询本身不收取额外费用。
某电子上午公司在美国东部（弗吉尼亚北部） 区域运营。该区域的私有托管区域月费为 0.50 美元，记录超量记录费用为每月每条 0.0015 USD 美元。该公司 IT 部为某条应用创建了一个名为 internal.example.com 的私有托管区域，并将其关联到 3 个 VPC。该托管区域的使用了12000 条记录。月度费用计算如下。
托管区域费：1 个区域 × 0.50 美元 = 0.50 美元
超量记录费：（12000 条记录– 10000 条记录）× 0.0015 美元 = 2000 条记录 × 0.0015 美元/记录 = 3 美元
该月总费用：托管区域费 + 超量记录费 = 0.50 美元 + 3 美元 = 3.5 美元